온라인 체크인이 중복됐는데 괜찮을까요?

두 명이 홍콩을 경유해 시드니로 가는 항공편을 이용할 예정이에요.
처음 항공사에서 온라인 체크인을 마친 뒤 환승편 좌석을 지정하려고 다른 항공사 사이트에서 다시 체크인했더니, 출발편 좌석이 중복으로 체크인된 것 같아요.
공항에서 문제가 생기거나 좌석을 다시 지정할 수 있을까요?